Armar un programa de Dinámica Molecular

Objetivos:

  • Que los participantes conozcan y programen las ecuaciones relacionadas con el potencial de interacción y las ecuaciones de movimiento que incorporan temperatura y presión.
  • Que analicen programas de análisis de resultados de las propiedades básicas.

Requisitos:

  • De preferencia que hayan escrito un programa de dinámica molecular para el potencial de Lennard-Jones.

El curso está dirigido a usuarios de programas de dinámica molecular (GROMACS, DL_POLY, NAMD o LAMMPS) y que tengan conocimientos básicos de Fortran o de Lenguaje C. Deberán disponer de tiempo completo para este curso.

Cupo limitado a 15 participantes

Se proporcionarán routinas con la información básica y se integrarán para construir el programa de DM. Los programas se aplicarán para estudiar sistemas tales como, agua, hidrocarburos, alcoholes, entre otros.

Proyectos: Durante el curso, los alumnos elaborarán un proyecto que presentarán al final del curso.

Profesores:

Dr. José Alejandre, Depto. de Química, UAM-Iztapalapa.

Dra. Minerva González. BUAP.

PROGRAMA DEL CURSO
HORA
LUNES
MARTES
MIERCOLES
JUEVES
VIERNES
09:00-09:30
INAUGURACIÓN
Presentaciones de participantes y discusión sobre problemas específicos.
09:30-11:30
Potenciales de interacción y fuerzas
Algoritmos de Dinámica Molecular NVT
Sumas de Ewald: Fuerzas y presión
Algoritmos de Dinámica Molecular NPT
Presentación de proyectos
11:30-12:00

Café, Té, Etc.
12:00-14:00
Ecuaciones de movimiento y Dinámica Molecular NVE
Implementación de termostatos en el código de DM: Re-escalar velocidades y cadenas de Nosé Hoover
Implementación de la presión en el código de DM
Implementación del barostato cadenas de Nosé Hoover
 Presentación de proyectos
14:00-15:30

COMIDA
15:30-17:30
Valores promedio de propiedades: Energía y temperatura. Definición de proyectos
Propiedades: Fluctuaciones de la energía, calor específico, autodifusión y g(r)
Propiedades: Perfil de densidad y tensión superficial
Propiedades: Densidad, fluctuaciones del volumen y compresibilidad isotérmica
17:30-18:00

Café, Té, Etc.
18:00-19:00
Charla 1
Charla 2
Charla 3
Docking